Dự án được bắt đầu bởi ChipTest tại Đại học Carnegie Mellon bởi Feng-hsiung Hsu, tiếp theo là kế thừa của nó, Suy nghĩ sâu. Sau khi tốt nghiệp từ Carnegie Mellon, Hsu, [Thomas Anantharaman] và [Murray Campbell] từ nhóm Deep Thought đã được [IBM Research] thuê để tiếp tục cuộc tìm kiếm của họ để xây dựng một máy đánh cờ có thể đánh bại Nhà vô địch thế giới.[3]

Hsu và Campbell tham gia IBM vào mùa thu năm 1989, với Anantharaman năm sau đó.[4] Anantharaman sau đó rời IBM cho Wall Street và Arthur Joseph Hoane gia nhập nhóm để thực hiện các tác vụ lập trình.[5] Jerry Brody, một nhân viên lâu năm của IBM Research, đã được tuyển dụng cho nhóm vào năm 1990.[6]Ban đầu đội thuộc quản lý của Randy Moulic, sau đó là bởi Chung-Jen (C J) Tan.[7]

Sau trận đấu với Kasparov của Deep Thought năm 1989, IBM đã tổ chức một cuộc thi để đổi tên máy cờ vua và nó trở thành "Deep Blue", một trò chơi biệt danh của IBM, "Big Blue".[8] Sau một phiên bản thu nhỏ của Deep Blue Jr. đóng vai Grandmaster Joel Benjamin, Hsu và Campbell đã quyết định rằng Benjamin là chuyên gia mà họ đang tìm kiếm để phát triển cuốn sách mở của Deep Blue, và Benjamin đã ký kết bởi IBM Research để hỗ trợ chuẩn bị cho các trận đấu của Deep Blue với Garry Kasparov.

Năm 1995 "nguyên mẫu Deep Blue" (thực sự là Deep Thought II, đã được đổi tên vì các lý do PR) chơi trong Vô địch Cờ vua Thế giới thứ 8. Nguyên mẫu Deep Blue đã chơi chương trình máy tính Wchess trong một trận hòa còn Wchess chạy trên một máy tính cá nhân. Trong hiệp 5, nguyên mẫu Deep Blue đã có white pieces và thua trước chương trình máy tính Fritz 3 trong 39 nước đi còn Fritz chạy trên một máy tính cá nhân Intel Pentium 90 MHz. Chung cuộc giải vô địch, nguyên mẫu Deep Blue Nguyên mẫu đã được đoạt vị trí thứ hai với các chương trình máy tính trong khi Junior đang chạy trên một máy tính cá nhân.[9]